Во 2 сезоне сериала «Заповедный спецназ» продолжается история о бывшем спецназовце по имени Юрий Тарханов, который встал на защиту Байкала и решительно бросил вызов всем, кто хочет нечестным образом нажиться на удивительном водоеме. В новом сезоне злобного Кужеля заменили гораздо более серьезные и беспощадные противники. События по-прежнему разворачиваются в невероятных природных ландшафтах – на фоне непроходимых лесов и бескрайних водных просторов. Но теперь действие происходит также на заброшенных производствах, военных частях и предприятиях, которые отрицательные персонажи используют для достижения своих целей.