Во 2 сезоне сериала «Проект «Синяя книга» Хайнек и Куинн продолжают раскрывать тайны пришельцев. Теперь они понимают, что далеко не всем событиям можно дать научное объяснение. Новые происшествия и очевидцы визитов НЛО напрямую указывают на реальность инопланетной угрозы. Однако в ходе расследований обнаруживаются и иные факты. Возможно, происходящее — это лишь хитрая игра провластных структур, а в США происходит настоящий правительственный заговор. Герои хотят узнать истину и довести дело до логического конца.