Во 2 сезоне сериала «Призрак в доспехах: Синдром одиночки» 9-й отдел расформирован, а после заново открыт. В Японии появилась команда «Одиннадцать», которая выступает за то, чтобы беженцы, обосновавшиеся на острове Дэдзима в бухте Нагасаки, получили равные с другими жителями права и возможности. Они руководствуются вымышленным очерком Патрика Сильвестра «Одиннадцать». Во главе команды стоит Хидэо Кудзэ. Девятый отдел должен навести порядок, защитить мирных жителей в Дэдзиме и обезвредить преступников. Но все затрудняется из-за личных проблем Мотоко Кусанаги: когда-то, много лет назад, она была влюблена в Кудзэ.